หอจดหมายเหตุ มหาวิทยาลัยพายัพมีพื้นฐานและความผูกพันเกิดขึ้นเพราะคริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแตนท์กล่าวคือ ในปี พ.ศ. 2371
มิชชันนารีนิกายโปรเตสแตนท์คู่แรก คือ  ศาสนาจารย์ คาร์ล  กุตสลาฟ  และ  ศาสนาจารย์ จาคอบ ทอมลิน ได้เข้ามาประกาศเผยแพร่
คริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแตนท์ครั้งแรกที่กรุงเทพฯ  ซึ่งต่อมาก็มีคณะมิชชั่นต่างๆ   ได้ส่งมิชชันนารีเข้ามาประกาศเผยแพร่คริสศต์ศาสนา
เช่น คณะอเมริกันแบ๊บติสท์ คณะเซเวนเดย์แอดแวนติสท์เป็นต้น การเผยแพร่คริสต์ศาสนาในช่วงแรกทำเฉพาะในเขตกรุงเทพมหานคร ต่อมา
ได้มีการขยายตัวออกไปทั่วประเทศ มีการประกาศพระกิตติคุณ  มีคนเข้ารับเชื่อเป็นคริสเตียน มีการตั้งคริสตจักร ตั้งโรงเรียนเพื่อให้การศึกษา
แก่เยาวชนทั้งชาย และหญิง ทั้งยังเป็นการเตรียมและพัฒนาผู้นำของคริสตจักร ตั้งโรงพยาบาลเพื่อให้การรักษาโรคภัยไข้เจ็บ อีกทั้งเป็นการ
ทำลายความเชื่อของชาวบ้านที่คิดว่าโรคภัยไข้เจ็บเกิดขึ้นเพราะอำนาจของภูตผีปีศาจ  ผู้ที่รับเชื่อเป็นคริสเตียนส่วนใหญ่จะเป็นประชาชน
ในเขตภาคเหนือ
      ในปี พ.ศ. 2477 คริสตจักรซึ่งเกิดขึ้นจากการประกาศเผยแพร่ของมิชชันนารีคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียนมิชชั่น อเมริกันแบ๊พติสมิชชั่น
และดีไซเปิลออฟไครสต์ ได้รวมตัวกันตั้ง "สภาคริสตจักรในสยาม" หรือที่เรียกว่า" สภาคริสตจักรในประเทศไทย" ในปัจจุบัน
      ในปี พ.ศ. 2500 และ พ.ศ.2505 อเมริกันเพรสไบทีเรียนมิชชั่น  และดีไซเปิลออฟไครสต์ ได้ปิดสำนักงานในประเทศไทย  มิชชันนารี
ที่ยังคงทำงานในประเทศไทยได้ปรับฐานะเป็นภราดรผู้ร่วมงานกับสภาคริสตจักรในประเทศไทย 
       ในปีพ.ศ. 2521 ได้มีการฉลองครบรอบ 150ปี คริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแตนท์ในประเทศไทย จากการจัดงานดังกล่าว ทำให้
สภาคริสตจักรในประเทศไทยได้ค้นพบเอกสารเก่าๆของมิชชันนารีในโกดังเก็บของ คณะผู้บริหารสภาคริสตจักรในประเทศไทยในเวลานั้น
ตระหนักถึงความสำคัญของเอกสารดังกล่าว จึงได้ติดต่อวิทยาลัยพายัพ ในเวลานั้นศาสนาจารย์ เฮอร์เบิท อาร์ สวอนสัน  อาจารย์สอน
ประวัติศาสตร์  ภาควิชาประวัติศาสตร์ ซึ่งเคยผ่านการฝึกงานที่หอจดหมายเหตุในประเทศสหรัฐอเมริกามาก่อน ได้เสนอให้วิทยาลัยพายัพ
นำเอกสารดังกล่าวมาเก็บรักษา จึงได้มีการจัดตั้งแผนกจดหมายเหตุ วิทยาลัยพายัพขึ้นในปี พ.ศ. 2521โดยมีศาสนาจารย์สวอนสัน
เป็นผู้อำนวยการคนแรก  มีสำนักงานอยู่ที่เขตบ้านธารแก้ว
      ต่อมาในปี พ.ศ. 2525   หอจดหมายเหตุได้ย้ายสำนักงานจากเขตบ้านธารแก้ว  มาอยู่ที่เขตแก้วนวรัฐในอาคารที่เคยเป็นหอพัก
นักศึกษาพยาบาลมาก่อน และได้เปลี่ยนชื่อจาก”แผนกจดหมายเหตุ วิทยาลัยพายัพ มาเป็น”หอจดหมายเหตุ มหาวิทยาลัยพายัพ”
ในปีพ.ศ. 2527 และต่อมาในปี พ.ศ. 2540  จึงได้มีการย้ายหอจดหมายเหตุมาอยู่ในที่อาคารศรีสังวาลย์  ชั้นที่ 3 และ 4  
      ในปีพ.ศ. 2556 หอจดหมายเหตุได้ย้ายสำนักงานมาตั้งที่บริเวณชั้น 3 ของอาคารศูนย์ทรัพยากรการเรียนรู้สิรินธร สำนักหอสมุด
มหาวิทยาลัยพายัพ